真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。 在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南 绯色的不在证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。 故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列 。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”。之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。 而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影—— 《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。

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在某个驿站，座头市帮助医生淳安和他的女儿大志，并对抗邪恶的黑帮松五郎。尽管受了重伤，一还是打败了松五郎一家和保镖源八郎，但源八郎竟然是俊安的儿子……野川由美子展示了她出色的嫂子行为。

身怀绝技的盲人按摩师座头市（胜新太郎 饰）行走江湖，在途经关宿时受邀为黑田家的殿下按摩。谁知殿下举止癫狂，行为异常，为了防止家丑外泄，黑田家命令武士截杀归途中的阿市，但刺客全部死于阿市刀下。躲避仇家之际，阿市邂逅女郎阿节（水谷良重 饰），这位温柔的女子令他想起曾深深伤害过自己的千代。短暂盘桓，阿市再度启程，为了祭拜死于他刀下的平手造酒而返回笹川，而被黑田家买通的黑道头目堪兵卫（泽村宗之助 饰）则带领徒众紧随其后。

座头市无法忘记童年的记忆，急忙前往妙义山观看今年的第一个日出。途中，他偶然收到了一位自称信介的旅行者的信，并将其交给了笠间旅馆武藏屋的女仆阿仙。在那里，一遇见了正在探望失踪父亲的大崎。与此同时，当地老板甚平看到喜剧演员们的进步，要求他们送来40-60次。客栈里的艺人们很生气，但是对于绑在县令和鹿岛身上的两条腿的草吉却没有什么办法。一天晚上，信介回到了武藏屋。信介在大观甚平的命令下杀死了大崎的父亲，大崎的父亲将案件强行提交给江户。然而，他向甚平承诺的自己与县令很熟悉的承诺却遭到了破坏，他在追兵的包围下逃到了一家旅馆。然而，心狠手辣的甚平却重重地砍倒了信介。就连偶然听到这件事的一，也没有勇气向对此一无所知的大崎透露真相。某天，一前往赌场探望甚平，并利用自己的特长居合紫里识破了骗子，并击败了甚平、鹿岛县令等人。然而，在场的鹿岛保镖大木却识破了鹿岛城的杀机。由于担心被甚平盯上的大崎的安全，一向保留着在酒吧遇见的父亲记忆的老人义十提供了帮助。然而，义州因为甚平想要酒而将咲卖给了他。一独自前往检查站营救被困在县令家中的大崎。座头市的致命剑因愤怒而颤抖，击倒了鹿岛、甚平等人，并安全救出了大崎。这是新年的第一天，太阳将城市孤零零的影子涂成红色。

座头市出于对黑道熊吉提供住宿和食物的义务，不得不杀死年轻的黑帮宇吉，但当他得知熊吉的目标是宇吉的姐姐小袖时，他带着她逃跑了。佐藤胜作为一的竞争对手出现。

文殊的和平寺、岛藏、伊乃藏、菊藏、鹤藏五人组成的刺客团在甲州路上秘密追捕座头市，并在座头市乘坐的轿子前刺杀了他。然而，轿子里面却有一个年轻女子，名叫小丰，怀里抱着一个婴儿。途中，一将自己的轿子交给了突然病倒的小丰。当市听到小丰的死讯时，他决定将孩子交给小丰在信州宫本村的丈夫宇之介。盲人阿一抱着孩子，在轿夫童平和马助的陪伴下，开始了照顾孩子的旅程。然而，五人组却向这座城市发起了进攻。五个人中，有一个人被一的居合剑法砍倒了。道平和马助撤退了，一则带着孩子继续赶路。刺客因朋友的死而勃然大怒，与害羞的 Magojo Hangoro 结盟，并在 Ichi 换尿布时袭击了她。然而，即使在那里，阿一的剑也夺走了半五郎家族十名成员的生命。盲人阿一一边照顾孩子，一边成为黑帮成员，旅途充满艰辛。在通过一晚的赌博赚了一些钱之后，第二天醒来，一帮助了一位被乡村武士追赶的女钱包剪贴师冈，并雇用她来照顾他。冈爱上了 Ichi 的精神，尽管他们之间有争吵，但冈还是经常照顾 Ichi。有一天，当 Oka 让她的婴儿在二楼小便时，被路过的相扑选手 Koteushi 抓住了，Oka 和 Ichi 之间发生了争斗。四人恰巧路过此处，向没有带暗剑的阿一发动攻击，不过阿卡凭借敏捷的思维成功逃脱。就在一和冈开始对彼此产生不可分割的爱意时，一去拜访了已成为黑帮老大的卯之介。然而，卯之助却命令手下将抱着婴儿的一赶走。宇之介的态度让一感到愤怒，她把婴儿连同小丰的头发一起托付给了她家庙瑞光院的僧侣。与此同时，在寺庙外面，卯之助的盟友，刺客和平次和他的手下，点燃了竹矛的尖端并袭击了阿一，将他包围并杀死。这就是平次打败一之居合的计划。在火焰和刀刃中，阿一打败了四人和他们的同伙，但只放过了婴儿的父亲卯之介。当 Ichi 和 Oka 与他们的孩子告别时，他们的眼里闪烁着泪光。

拓真健接到金融大亨青岩大和田的电话，请求他营救被警察围困的弟弟刚。拓真立即混入防暴警察队伍中救出了刚，但清岩的真正目标是刚获得的揭露东光化学公司内部运作的磁带，并给了拓真一些假币作为礼物。